Situata su di una spianata alta circa 30 metri s.l.m., Selinunte prende il nome dal Selinon , il prezzemolo selvatico. Venne fondata da coloni di Megara Hyblaea guidati dall' ecista Pammilos, nel VII secolo a.C. Immigrazioni successive di coloni megaresi sicelioti si ebbero sia negli ultimi decenni del VII sia per tutto il VI secolo fino agli inizi del V. Selinunte tentò di fondare delle colonie nella Sicilia occidentale (Eraclea Minoa). Quando, all'inizio del V secolo divampò la guerra fra Greci di Sicilia e Cartaginesi, che si concluse con la battaglia di Himera nel 480, Selinunte, stranamente, preferì allearsi con Cartagine. Ebbe numerosi e forti contrasti con Segesta fino al 409, anno della sua distruzione avvenuta proprio ad opera dei Cartaginesi. Selinunte così si trovò sottomessa al dominio dei Punici che la fortificarono e la ricostruirono, nell'area dove prima sorgeva l'acropoli: i resti archeologici presentano un abitato misto, punico e greco. Il dominio cartaginese, durò fino alla I guerra punica. Cartagine, per difendersi dagli attacchi romani, decise di concentrare le sue forze a Lylibeo, trasferendovi la popolazione di Selinunte, distruggendone la città ed abbandonandola alla rovina. Un violento terremoto, nel secolo X o XI, finì forse per ridurre ad un cumulo di rovine i monumenti dell'antica città. Nella seconda metà del XVI secolo, la città fu riscoperta dallo storico Tommaso Fazello. Nel 1823 gli inglesi intrapresero degli scavi archeologici. E' in fase di attuazione un vasto programma di studi e di ricerche del parco archeologico e di allestimento museografico. 

La città sorge su una stretta penisola a forma di falce che la leggenda vuole essere quella della dea delle messi Cerere abbandonata in questo luogo per andare a cercare la figlia Proserpina. Originariamente villaggio dei sicani chiamato Dràpano (Drépanon dai greci), divenne importante scalo marittimo e base navale cartaginese. Conquistata dai romani nel 241 a.C., declinò lentamente per vari secoli, fino alla ripresa commerciale sottole dominazioni araba (dal IX secolo) e normanna (dal 1077), cui seguì la notevole attività costruttiva aragonese, dalla fine del secolo XIII.Fortificata nel Cinquecento da Carlo V di Spagna, continuò ad arricchirsi, in particolare per il commercio del sale. Passata nel XVIII secolo ai Borbone, fu tra le prime città siciliane a ribellarsi al loro governo, nel 1848. Nella città odierna si riconosce facilmente il nucleo di origine medievale (araba), dal tipico dedalo di stradette e vicoli ciechi, che sorge nella parte centrale della città. Nel centro storico sono molti gli edifici settecenteschi: fra i monumenti più notevoli si notano il Santuario dell'Annunziata, con facciata trecentesca, campanile barocco e interno con la Cappella dei Marinai (XVI secolo) e la Madonna di Trapani,(XIV secolo); il Palazzo della Giudecca, del primo Cinquecento, la Chiesa di Santa Maria del Gesù, dalla facciata gotico-rinascimentale, con una terracotta di Andrea della Robbia; la Cattedrale, del 1635. Il Museo regionale Pepoli espone fra l'altro una scultura di Antonello Gagini (1522), una tela di Tiziano e reperti archeologici dal territorio; nella Torre di Ligny (eretta nel 1671) ha sede il Museo della preistoria; la Biblioteca Fardelliana conserva codici miniati del XIV-XV secolo e pregevoli incisioni e la Colombaia castello aragonese eretto a protezione della città. Il Venerdì santo si svolge la tradizionale processione dei Misteri.